Πρόκειται για ελέγχους σε πράξεις σύμφωνα με το άρθρο 62 του κανονισμού (ΕΚ) 1083/2006 οι οποίοι διενεργούνται από την Αρχή Ελέγχου ανά δωδεκάμηνο από την 1η Ιουλίου 2008 επί δείγματος πράξεων που επιλέγεται βάσει μεθόδου η οποία καθορίζεται ή εγκρίνεται επίσης από την Αρχή Ελέγχου.

Οι έλεγχοι επαληθεύουν ότι πληρούνται οι ακόλουθες προϋποθέσεις: 

• η πράξη ικανοποιεί τα κριτήρια επιλογής για το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα, υλοποιείται σύμφωνα με την απόφαση έγκρισης και πληροί οποιονδήποτε ισχύοντα όρο ως προς τη λειτουργικότητα και τη χρήση της ή σχετικά με τους επιδιωκόμενους στόχους
• οι δηλωθείσες δαπάνες αντιστοιχούν στα λογιστικά έγγραφα και τα δικαιολογητικά που τηρούνται από τον Δικαιούχο.

Οι έλεγχοι πραγματοποιούνται επιτόπου βάσει εγγράφων και αρχείων που τηρούνται από τον Δικαιούχο.